2016
Биоинформатика · LIFE Hackathon
Исследовательский прототип на Python/TensorFlow. Второе место команды.
Разработчик исследовательского прототипа
Задача
Автоматически находить домены в данных о пространственной структуре белка.
Личный вклад
- Быстро освоил новый стек.
- Предложил рассматривать контактную карту как визуальную структуру.
- Реализовал прототип и визуализацию.
Результаты
- Команда заняла второе место. (2-е место)
Компоненты и связи
Исходные данные
- Структура белкаДанные пространственной структуры белка.
Исследовательский прототип
- Контактная картаДвумерное представление пространственной задачи.
- Поиск доменовПроверка гипотезы через распознавание визуальной структуры.
Результат эксперимента
- ВизуализацияНаглядное представление исследовательского результата.
- Структура белка→Контактная картапредставление
- Контактная карта→Поиск доменовпаттерны
- Поиск доменов→Визуализациярезультат
Инженерный итог
Контекст
Командный LIFE Hackathon по кластеризации доменов белка.
- Два дня на командный исследовательский прототип.
Подход
Свёл незнакомую предметную задачу к понятной визуальной модели и проверил гипотезу кодом.
- Преобразовал пространственную задачу в двумерное представление, пригодное для распознавания образов.
Выводы
- Глубокое погружение в новый домен ускоряется, когда задача получает наглядное представление.
Стек
- Python
- TensorFlow
- Visualization